消毒是一种控制纯化水设备微生物污染的重要手段，较常见的有热力消毒法、紫外消毒法以及化学消毒法等。

      1.热力消毒法

　　热力括纯蒸汽灭菌、巴氏消毒和过热水消毒等。纯化水系统的离子交换树脂、反渗透、电渗析、电法去离子等装置一般不宜采用高温消毒，否则会产生老化、破碎或损坏。

　　2.紫外消毒法

　　用于消毒的紫外光波长分别为254nm及185nm，常用波长地254μm左右区段的紫外线对纯化水消毒，它能降低水系统新菌落的生成速度，但对于浮游生物来说，它仅是部分有效，通过照射，它杀灭水中微生物的量不超过90%。因此，它的穿透力较差，故其石英管应定期清洁。

　　3.化学消毒法

　　化学方法消毒的材料种类很多，较常见的有氧类和氯类。氯类氧化剂有液氯、次氯酸钠、次氯酸钙、二氧化氯等;氧类氧化剂有臭氧、过氧化氢和等。

　　臭氧是一种强氧化剂，在水处理系统中对除臭、脱色、杀菌，除酚、氰、铁、锰等都有明显效果。考虑到化学方法消毒对纯化水系统的残留问题，目前臭氧消毒在国内药厂的纯化水装置中有较多的应用。 卤化物是有效的消毒剂，但使用后难以从水处理系统中清洗掉，况且只有在较高浓度时，如达到百万分子300时，才能对生物膜发生作用。但过高浓度的消毒剂往往会对设备产生腐蚀，使用时必须权衡二者的利弊。