根據(jù)土壤有機質(zhì)提升項目實施指導意見的要求，為進一步鞏固商品有機肥推廣成果，引導農(nóng)民科學用肥，提高耕地質(zhì)量，就生產(chǎn)有機肥推廣實施補貼政策,引導農(nóng)民逐步增施有機肥，政策補貼無疑是一個重要的突破口。從2004年上海開始實施有機肥政策補貼，江蘇、山東等地也陸陸續(xù)續(xù)開始實行有機肥的補貼政策。補貼政策推動了有機肥的發(fā)展。
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第二十七條第三款規(guī)定：企業(yè)從事符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得，可以免征、減征企業(yè)所得稅?！吨腥A人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第八十八條規(guī)定：企業(yè)所得稅法第二十七條第（三）項所稱符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目，包括公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發(fā)利用、節(jié)能減排技術(shù)改造、海水淡化等。項目的具體條件和范圍由財政、稅務主管部門商有關(guān)部門制訂，報批準后公布施行。企業(yè)從事前款規(guī)定的符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得，自項目取得筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，年至第三年免征企業(yè)所得稅，第四年至第六年減半征收企業(yè)所得稅（三免三減半）。實施條例第八十九條規(guī)定：依照本條例第八十八條規(guī)定享受減免稅優(yōu)惠的項目，在減免稅期限內(nèi)轉(zhuǎn)讓的，受讓方自受讓之日起，可以在剩余期限內(nèi)享受規(guī)定的減免稅優(yōu)惠；減免稅期限屆滿后轉(zhuǎn)讓的，受讓方不得就該項目重復享受減免稅優(yōu)惠。
國家對生物有機肥行業(yè)的政策。有機肥設備，有機肥生產(chǎn)線，有機肥造粒機，有機肥生產(chǎn)設備。國家層面早在十年前就啟動了以增加土壤有機質(zhì)為重點的“沃土工程”，此后有機肥作為“十一五”重點扶植的肥料品種之一越來越受到的重視，近年來，“1號”文件多次提出“鼓勵農(nóng)民增施有機肥”。然而，目前還沒有國家層面針對有機肥的補貼，化肥行業(yè)享有的能源價格、用電、鐵路運輸?shù)葍?yōu)惠政策卻把有機肥拒之門外（2006年起有機肥免受增值稅），有機肥的運輸價格比化肥要高一倍，只有部分省市開展了有機肥補貼。
開展有機肥補貼的是上海市，有機肥設備，有機肥生產(chǎn)線，有機肥造粒機，有機肥生產(chǎn)設備。從2004年試點統(tǒng)一采購1.5萬噸有機肥，此后推廣數(shù)量逐年增加，2009年達到16萬噸，2004-2008年有機肥市場指導價為400元/噸，市財政補貼標準時250元/噸，各縣區(qū)增加50-100元/噸的補貼，有關(guān)鄉(xiāng)鎮(zhèn)在此基礎上再給予補貼，2009-2011年的補貼額度為200元/噸。江蘇省2006年開始補貼，每噸由省財政補貼150元，市財政補貼50元；北京在2007年開始實施補貼政策，每噸補貼250元，山東省有機肥補貼于2008年起步，每噸補貼300元。北京有機肥示范推廣主要針對種植大戶和專業(yè)合作社（生態(tài)農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)基地），正是有了補貼他們才開始大面積使用有機肥，進而帶動周邊小農(nóng)戶使用有機肥。
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